Details

Данная работа посвящена подбору и оптимизации условий ПЦР и секвенирования гена полимеразы вируса иммунодефицита человека для мониторинга вариантов ВИЧ, обладающих лекарственной устойчивостью. В ходе проведения исследования были подобраны две комплементарные пары праймеров, фланкирующие область гена pol ВИЧ, содержащую основные мутации, ответственные за формирование лекарственной устойчивости. Также установлены оптимальные условия выполнения полимеразной цепной реакции для амплификации данного участка., а именно: выбран формат двухстадийной ПЦР на вложенных праймерах, были оптимизированы температура отжига праймеров и концентрация матрицы, добавляемой в реакцию. Полученный способ был успешно применен на 350 клинических образцах, что позволило выявить генетическое разнообразие ВИЧ в Ленинградской области, а также встречаемость мутаций лекарственной устойчивости вируса среди пациентов с неэффективной антиретровирусной терапией. Результаты, полученные в данном исследовании, а именно: генетическое разнообразие вируса и частота мутаций резистентности ВИЧ в исследуемом регионе согласуется с опубликованными данными, что свидетельствует о корректности методического подхода. Эти сведения дополняют представления о генетической вариабельности и динамике ВИЧ в России.

The given work is devoted to the selection and optimization of PCR and sequencing conditions for the human immunodeficiency virus polymerase gene to monitor HIV variants with drug resistance. During the study, two pairs of primers were selected to flank a fragment of the HIV pol gene containing major surveillance mutations associated with viral drug resistance. Optimal conditions for the polymerase chain reaction (PCR) were also established, including the use of a two-step nested PCR format, optimization of primer annealing temperature, and adjustment of template concentration in the reaction. The developed method was successfully applied to 350 clinical samples, enabling the assessment of HIV genetic diversity in the Leningrad region and the prevalence of drug resistance mutations among patients with ineffective antiretroviral therapy. The results obtained in this study—namely, the genetic diversity of the virus and the occurrence of HIV drug resistance mutations—were found to be characteristic of this region and consistent with published data. This confirms the validity of the applied methodologies, while the findings contribute to a better understanding of HIV genetic diversity in Russia and its dynamics over time.