Details

Данная работа посвящена разработке и оптимизации метода изотермической амплификации с множественным смещением (MDA) для обнаружения и идентификации опухолей слюнных желез. Задачи, которые решались в ходе исследования: - проведение обзора литературы по современным методам молекулярной диагностики, включая изотермическую амплификацию. - описание объектов и предмета исследования для обоснования выбора модельных образцов. - разработка лабораторного подхода на основе метода MDA для эффективной амплификации вирусного и модельного ДНК-материала. - выделение нуклеиновых кислот из образцов и их пробоподготовка. - синтез комплементарной ДНК с использованием различных методов обратной транскрипции. - проведение амплификации методом MDA и оценка эффективности реакции. Объектами исследования в данной работе являлись синтетические образцы РНК SARS-CoV-2 и ДНК бактериофага λ. Предметом исследования являлась эффективность метода изотермической амплификации MDA.  Анализируемыми показателями являлись условия проведения амплификации, эффективность амплификации и специфичность метода MDA.  Работа выполнена на базе Санкт-Петербургского политехнического университета Петра Великого.  В ходе исследований установлено, что метод MDA является перспективным подходом для эффективной амплификации ДНК-материала.  Предложенный подход может быть использован для разработки диагностических тест-систем и наборов для анализа онкологических и вирусных маркеров.  Для достижения данных результатов в работе были использованы следующие информационные технологии: открытые базы данных (NCBI, CyberLeninka, PubMed, Biolabmix, Roche) и пакеты программ Microsoft Excel, Microsoft Word, Miro и GraphPad.

This work is devoted to the development and optimization of the method of isothermal amplification with multiple displacement (MDA) for the detection and identification of tumors of the salivary glands. Tasks that were solved during the research: - conducting a literature review on modern methods of molecular diagnostics, including isothermal amplification. - a description of the objects and the subject of the study to justify the choice of model samples. - development of a laboratory approach based on the MDA method for effective amplification of viral and model DNA material. - isolation of nucleic acids from samples and their sample preparation. - synthesis of complementary DNA using various reverse transcription methods. - carrying out amplification by the MDA method and evaluating the effectiveness of the reaction. The objects of research in this work were synthetic samples of SARS-CoV-2 RNA and DNA of the bacteriophage λ. The subject of the study was the effectiveness of the MDA isothermal amplification method.  The analyzed parameters were the conditions of amplification, the effectiveness of amplification, and the specificity of the MDA method.  The work was performed based on Peter the Great St. Petersburg Polytechnic University.  Research has shown that the MDA method is a promising approach for effective amplification of DNA material.  The proposed approach can be used to develop diagnostic test systems and kits for the analysis of oncological and viral markers.  To achieve these results, the following information technologies were used in the work: open databases (NCBI, CyberLeninka, PubMed, Biolabmix, Roche) and software packages Microsoft Excel, Microsoft Word, Miro and GraphPad.