Details

Данная работа посвящена исследованию частоты и спектра клинически значимых транслокаций в колоректальных опухолях с различным молекулярным профилем. Использовался метод ПЦР в реальном времени с целью разработки диагностического теста для выявления перестроек в генах ALK , RET , ROS 1 и NTRK 1/2/3. Проведен анализ 1080 образцов опухолевой ткани, классифицированны х по статусу MSI и мутациям в генах RAS / RAF . По результатам исследования выявлены 61 случай транслокаций, преимущественно в MSI - H опухолях (12.3%), но также и в MSS (0.5%). Наиболее часто встречались перестройки с участием генов семейства NTRK . Разработанн ый подход позволил точно выявлять как частые, так и редкие варианты транслокаций. Полученные результаты могут быть использованы в молекулярной диагностике и для подбора персонализированной терапии при колоректальном раке, в том числе у пациентов с ограниченными вариантами лечения. Сделаны выводы о целесообразности расширения молекулярного скрининга, особенно у пациентов с MSI - H опухолями.

The given work is devoted to studying the frequency and distribution of clinically significant gene fusions in colorectal tumors with different molecular characteristics. A real-time PCR method was employed to develop a diagnostic test targeting translocations in ALK, RET, ROS1, and NTRK1/2/3 genes. A total of 1080 tumor samples were analyzed, categorized by MSI status and presence of RAS/RAF mutations. Gene fusions were found in 61 cases, predominantly in MSI-H tumors (12.3%) and rarely in MSS cases (0.5%). NTRK-related rearrangements were the most common. The developed PCR-based method enabled the detection of both common and rare fusion events with high accuracy. These findings can be applied in molecular diagnostics and for the selection of personalized therapies in colorectal cancer, especially in cases with limited treatment options. The results support the expansion of molecular screening, particularly in MSI-H tumors.

• РЕФЕРАТ
• ABSTRACT
• A TABLE OF CONTENTS
• A LIST OF ABBREVIATIONS
• INTRODUCTION
  • 1.1. A few words about colorectal cancer and current approach for diagnostic and therapy
  • 1.2. Current clinical recommendations for CRC treatment
  • 1.3. Receptor tyrosine kinases
  • 1.4. Receptor tyrosine kinases place in CRC therapy
  • 1.5. Approach of clinical diagnostic of RTKs
• CHAPTER 2. MATERIALS AND METHODS
  • 2.1. Materials
  • 2.2. Research methods
  • 2.2.1. Nucleic acid extraction from paraffin sections
  • 2.2.2. Oligonucleotide design
  • 2.2.3. Preparation of probe and primer working solutions
  • 2.2.4. Measurement of primer and probe concentrations
  • 2.2.5. cDNA synthesis
  • 2.2.6. Evaluation of cDNA synthesis
  • 2.2.7. PCR amplification protocol
  • 2.2.8. Detection of ALK, ROS1, RET, NTRK1/2/3 gene fusions
• CHAPTER 3. RESULTS AND DISCUSSION
• CONCLUSION
• REFERENCES
• APPENDIX A