Details

Данная работа посвящена влиянию количества сайтов рестрикции в чужеродном генетическом материале на эффективность работы системы РМ 2 типа. Объектом исследования выступали защитная система РМ 2 типа Esp1396I. Цель исследования заключается в изучении влияния количества сайтов рестрикции, закодированных в плазмиду - чужеродную ДНК, на эффективность трансформации клеток Escherichia coli, несущих систему рестрикции модификации (РМ) 2 типа Esp1396I. Данная работа направлена на моделирование заражения бактериофагом популяции клеток E. coli с последующим описанием эффективности трансформации. Данное исследование обладает актуальностью, поскольку углубляет понимание молекулярных закономерностей, лежащих в основе организации микробных сообществ. Работа имеет практическую ценность, так как закладывает основу для создания эффективных антибактериальных биопрепаратов на основе бактериофагов. В качестве источников информации использовались научные базы данных: Springer Science, PubMed, Wiley, Google Scholar. В ходе работы использовалось различное программное обеспечение: 1. Текстовый редактор: Microsoft Word 2. Обработка графических данных: ImageJ 3. Статистический анализ: GraphPad Prism 4. Для визуализации гель-электрофорезов: Image Lab Software Работа выполнена на базе научно-исследовательского комплекса «Нанобиотехнологии» (НИК «НаноБио»). В ходе работы выявлены закономерности влияния сайтов рестрикции на эффективность трансформации.

This work is devoted to the influence of the number of restriction sites in the foreign genetic material on the efficiency of the type 2 RM system. The object of the study was the type 2 RM defense system Esp1396I. The aim of the study is to investigate the influence of the number of restriction sites encoded in plasmid foreign DNA on the efficiency of transformation of Escherichia coli cells carrying the plasmid with the Esp1396I type 2 RM system encoded in it. This work aims to model the infection of a population of E. coli cells with a bacteriophage and subsequently characterize the transformation efficiency. This study has theoretical significance as it deepens the understanding of the molecular patterns underlying the organization of microbial communities. The work has practical value, as it lays the foundation for the creation of antibacterial biologics based on bacteriophages. Scientific databases: Springer Science, PubMed, Wiley, Google Scholar were used as sources of information. Various software were used in the course of the work: 1.Text editor: Microsoft Word. 2. Graphic data processing: ImageJ. 3. Statistical analysis: GraphPad Prism. 4. For visualization of gel electrophoresis: Image Lab Software. The work was carried out on the basis of the research complex “Nanobiotechnology” (SRC “NanoBio”).  In the course of work the regularities of restriction sites influence on transformation efficiency were revealed.

• ВВЕДЕНИЕ
• 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
• 1.1. Применение бактериофагов
  • 1.2. Экологическая роль бактериофагов
  • 1.3. Система рестрикции-модификации
  • 1.4. Ферменты рестрикции
  • 1.5. Организация системы РМ II типа
  • 1.6. Классификация рестриктаз
  • 1.7. Регуляция работы системы РМ II типа
  • 1.8. Заражение бактериофагом популяции
  • 1.9. Эффективность работы РМ системы
• 2. ПРАКТИЧЕСКАЯ ЧАСТЬ
  • 2.1. Молекулярно-генетические методы
    • 2.1.1. Полимеразно-цепная реакция (ПЦР)
    • 2.1.2. Электрофорез в агарозном геле
    • 2.1.3. Приготовление агарозного геля
    • 2.1.4. Выделение ДНК из агарозного геля
    • 2.1.5. Приготовление компетентных клеток
    • 2.1.6. Химическая трансформация бактерий
    • 2.1.7. Лигирование
    • 2.1.8. Выделение плазмидной ДНК
  • 2.2. Микробиологические методы
    • 2.2.1. Приготовление питательной среды
  • 2.2.2. Высев на плотную агаризованную среду
• 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
  • 3.1. Дизайн праймеров для получения конструкций
  • 3.2. Полученные конструкции с разным количеством сайтов
  • 3.3. Корреляции между количеством сайтов рестрикции в плазмиде и эффективностью трансформации
• ЗАКЛЮЧЕНИЕ
• СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ
• ПРИЛОЖЕНИЕ. Схемы плазмид