Details

Гемагглютинирующий вирус энцефаломиелита свиней (PHEV) относится к роду Betacoronavirus и является наименее изученным коронавирусом свиней. На территории России молекулярно-генетический мониторинг вируса не проводился, данные о циркулирующих генотипах отсутствовали, специфические диагностические тест-системы не разработаны. Методами ОТ-ПЦР и секвенирования нового поколения проведён скрининг 1467 назальных мазков и смывов от свиней из хозяйств Центрального и Северо-Западного федеральных округов; РНК PHEV выявлена в 159 образцах (10,8%). Впервые в России получены 14 полногеномных последовательностей PHEV. Российские последовательности относятся к респираторному варианту PHEV и формируют монофилетическую кладу с высокой бутстрепной поддержкой, не входящую ни в одну из ранее описанных  кластеров. Сестринской кладой выступают бельгийские штаммы 2006 года, что указывает на возможное общеевропейское происхождение российской линии PHEV. Полученные результаты восполняют пробел в эпидемиологическом надзоре за PHEV в России и закладывают основу для разработки диагностических тест-систем, выделения изолятов и последующих исследований, направленных на создание средств специфической профилактики.

Porcine hemagglutinating encephalomyelitis virus (PHEV) belongs to the genus Betacoronavirus and remains the least studied swine coronavirus. No molecular genetic surveillance of PHEV had previously been conducted in Russia, circulating genotype data were absent, and no specific diagnostic assays had been developed. Using real-time RT-PCR and next-generation sequencing, 1,467 nasal swabs and washes from pigs at farms in the Central and Northwestern Federal Districts were screened; PHEV RNA was detected in 159 samples (10.8%). Fourteen whole-genome PHEV sequences were obtained in Russia for the first time. The Russian sequences belong to the respiratory variant of PHEV and form a monophyletic clade with high bootstrap support (75–100%), distinct from all previously described clusters. The sister clade consists of Belgian strains from 2006, suggesting a possible common European origin of the Russian PHEV lineage. These findings address a critical gap in PHEV surveillance in Russia and provide a foundation for the development of diagnostic assays, virus isolation, and subsequent studies aimed at creating specific preventive measures.

• СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ
• ВВЕДЕНИЕ
• ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
  • 1.1. Открытие, распространение и текущая эпидемиология
  • 1.2. Систематическое положение
  • 1.3. Организация генома
  • 1.4. Патогенез PHEV- ассоциированного синдрома
  • 1.5. Респираторный вариант PHEV
  • 1.6. Молекулярная эволюция и генетическое разнообразие бетакоронавирусов: роль рекомбинации и актуальность надзора
• ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
  • 2.1. Клинические образцы
  • 2.2. Экстракция РНК
  • 2.3. Полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией
  • 2.4. Полногеномная амплификация
  • 2.5. Подготовка библиотек
  • 2.6. Секвенирование
  • 2.7. Филогенетический анализ
    • 2.7.1. Сборка последовательностей на референс
    • 2.7.2. Выравнивание полногеномных последовательностей
    • 2.7.3. Построение филогенетического дерева
• ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЯ
• ЗАКЛЮЧЕНИЕ