Details

Цель исследования: выявление ВЭБ-ассоциированных опухолей желудка и гепатобилиарной зоны пациентов методом ПЦР и проведение биоинформатиче-ского анализа экспрессии генов в ВЭБ+ и ВЭБ- опухолях. Задачи, которые решались в ходе исследования: 1. ПЦР амплификация SDHA и EBER1 в образцах опухолей желудка и гепатобилиарной зоны. 2. Статистический анализ клинико-морфологических характеристик паци-ентов для выявления клинико-патологических ассоциаций, связанных с ВЭБ-статусом. 3. Анализ дифференциальной экспрессии генов между ВЭБ+ и ВЭБ- опухолями. 4. Сравнительный анализ экспрессии иммунных маркеров, связанных с эффективностью при иммунотерапии. Объекты исследования – нуклеиновые кислоты, выделенные из опухолей желудка и гепатобилиарной зоны, данные по экспрессии генов из биоинформатических баз данных. Экспериментальная часть работы выполнена на базе научной лаборатории молекулярной онкологии НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова. Анализировались встречаемость ВЭБ+ опухолей, клинико-морфологические характеристики пациентов, экспрессия генов и иммунных маркеров в опухолях. Было установлено, что EBER1 – оптимальная мишень для амплификации и выявления ВЭБ+ опухолей. Были выявлены ассоциации между ВЭБ-статусом опухоли и клиническими характеристиками пациентов. Была выявлена повышенная экспрессия мРНК CD274 и иммунных маркеров в ВЭБ+ опухолях. Были использованы следующие информационные технологии: программы R, HISAT2 и subread, базы данных Gene Expression Omnibus, The Cancer Genome Atlas, RefSeq.

This work focuses on the detection of EBV-associated tumors of the stomach and hepatobiliary system using PCR and bioinformatics analysis of gene expression in EBV+ and EBV- tumors. The objectives of the study were: 1. PCR amplification of SDHA and EBER1 in gastric and hepatobiliary tumor samples. 2. Statistical analysis to identify clinicopathological associations between pa-tients’ clinical and morphological characteristics and EBV status. 3. Analysis of differential gene expression between EBV+ and EBV- tumors. 4. Comparative analysis of the expression of immune markers associated with the effectiveness of immunotherapy. The study objects were nucleic acids isolated from gastric and hepatobiliary tumors, and gene expression data from bioinformatics databases. The study was conducted at the Molecular Oncology Laboratory of the N.N. Petrov National Medical Research Center of Oncology. The incidence of EBV+ tumors, clinical and morphological characteristics of patients, and gene and immune marker expression in tumors were analyzed. EBER1 was found to be an optimal target for PCR amplification and detection of EBV+ tumors. Associations were found between tumor EBV status and patient clinical characteristics. Increased expression of CD274 mRNA and immune markers associated with the effectiveness of checkpoint inhibitors immunotherapy was detected in EBV+ tumors. The following programs and databases were used: R, HISAT2, subread, the Gene Expression Omnibus, The Cancer Genome Atlas, and RefSeq databases.