Details

Работа посвящена молекулярно-эпидемиологической валидации пяти SNP в регуляторной области гена BRCA1 и соседнего гена NBR2, ранее отобранных по результатам предшествующего исследования, выполненного в лаборатории. Генотипирование выполняли методом аллельной дискриминации, результаты верифицировали секвенированием по Сэнгеру, а статистическую оценку проводили с использованием данных gnomAD v2.1.1 в качестве популяционного контроля. Установлено, что вариант NBR2 n.214+66G>T является рекуррентной мутацией, так как был независимо выявлен у двух неродственных пациенток; при сравнении с gnomAD различия были статистически значимыми (p = 0,0007). Вариант BRCA1 c.-45G>C охарактеризован как уникальная мутация, выявленная у одной пациентки и отсутствующая в gnomAD; несмотря на p = 0,006, имеющихся данных недостаточно для однозначного вывода о его ассоциации с раком молочной железы вследствие единичного наблюдения. Вариант NBR2 n.214+157A>T следует расценивать как полиморфизм, поскольку он выявлялся с относительно высокой частотой и не показал статистически значимых различий по сравнению с популяционным контролем gnomAD (p = 0,5428). Варианты BRCA1 c.-20+157G>T и BRCA1 c.-19-228G>A относятся к уникальным или крайне редким вариантам, однако статистическая мощность исследования оказалась недостаточной для оценки их возможной ассоциации с раком молочной железы.

The study is devoted to the molecular epidemiological validation of five SNPs in the regulatory region of the BRCA1 gene and the adjacent NBR2 gene, which were previously selected based on the results of an earlier study carried out in the laboratory. Genotyping was performed by TaqMan probe-based allelic discrimination, the results were verified by Sanger sequencing, and statistical analysis was carried out using gnomAD v2.1.1 data as a population control. It was shown that the NBR2 n.214+66G>T variant is a recurrent mutation, as it was independently identified in two unrelated patients; when compared with gnomAD, the differences were statistically significant (p = 0.0007). The BRCA1 c.-45G>C variant was characterized as a unique mutation detected in a single patient and absent from gnomAD; despite p = 0.006, the available data are insufficient for a definitive conclusion regarding its association with breast cancer because of the single observation. The NBR2 n.214+157A>T variant should be regarded as a polymorphism, since it was observed at a relatively higher frequency and did not show statistically significant differences compared with the gnomAD population control (p = 0.5428). The BRCA1 c.-20+157G>T and BRCA1 c.-19-228G>A variants should be considered unique or extremely rare variants; however, the statistical power of the study was insufficient to assess their possible association with breast cancer.