Details

Данная работа посвящена разработке методики определения состояния равновесия молекулярной системы. Целью работы является определить кри- терий равновесия системы и посчитать фазовый объем выпуклой оболочки, который молекулярная система формирует в течении молекулярной дина- мики. А также проверить можно ли упростить алгоритм метода поиска равно- весия через аппроксимацию входных данных. Для достижения поставленной цели были сгенерированы наборы данных для группы молекулярных систем, таких как белок trp-cage и Sac7d в комплексе с дуплексом ДНК используя ме- тоды молекулярной динамики. Характер поведения полученных диаграмм фа- зового объёма выпуклой оболочки соответствуют предполагаемому. Коэффи- циент корреляции между разными подходами обсчёта (на прямую атомами и усредняя группы атомов в центрах масс аминокислотных остатков, которым они принадлежат) оказался близко к 1, что соответствует прямой положитель- ной зависимости. В будущем планируется оптимизировать работу алгоритма по вычислению фазового объёма выпуклой оболочки.

This work is devoted to the development of a methodology for determining the equilibrium state of a molecular system. The objective of the work is to define an equilibrium criterion for the system and to calculate the phase volume of the convex hull formed by the molecular system during molecular dynamics. Addi- tionally, the possibility of simplifying the equilibrium search algorithm through in- put data approximation was investigated. To achieve this goal, data sets were gen- erated for a group of molecular systems, such as the trp-cage protein and Sac7d in a DNA duplex complex using molecular dynamics methods.The behavior of the obtained phase volume diagrams of the convex hull corresponds to the expected pattern. The correlation coefficient between different calculation approaches (di- rect atom-based and averaging groups of atoms into the centers of mass of the amino acid residues to which they belong) was found to be close to 1, indicating a direct positive dependence. In the future, optimization of the algorithm for compu- ting the phase volume of the convex hull is planned.