Details

Данная работа посвящена редактированию белка viciline и последующей сборке его генетической последовательности  de novo Цель работы: получить рекомбинантную форму вицилина с заменой остатков валина. В результате выполнения работы были решены следующие задачи: 1) Биоинформатическое редактирования: провести анализ аминокислотного состава нативного вицилина, выбрать целевые замены на основе физико–химических матриц, построить трёхмерную модель и визуализировать редактированный белок, оценить его склонность к агрегации. 2) Спроектировать и синтезировать нуклеотидную последовательность, кодирующую редактированный вицилин, с оптимизацией кодонов для экспрессии в E.coli Работа проведена на базе молекулярной лаборатории в  компании ООО «Бигль». В ходе выпускной квалификационной работы были проведены серии экспериментов по получению безошибочной генетической конструкции.

This work is devoted to the editing of the viciline protein and the subsequent de novo assembly of its genetic sequence. The aim of the work is to obtain a recombinant form of vicilin with substitution of valine residues.. The following tasks were solved in the course of the work: 1. Bioinformatic analysis and editing: analyze the amino acid composition of native vicilin, select target substitutions based on physicochemical matrices, build a three–dimensional model and visualize the edited protein, assess its aggregation propensity. 2. Design and synthesize a nucleotide sequence encoding the edited vicilin with codon optimization for expression in E. coli. The work was carried out at the molecular laboratory of Beagle LLC. In the course of the final qualification work, a series of experiments were performed to obtain an error–free genetic construct.

• СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
• ВВЕДЕНИЕ
• ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
• 1.1. Белковая структура гороха и перспективы её модификации
• 1.2. Программные инструменты для молекулярного моделирования и анализа последовательностей
• 1.3. Сборка гена de novo: современные подходы и этапы
• 1.4. Плазмидные векторы и трансформация бактериальных клеток
• 1.5. Система экспрессии белка на основе IPTG
• 1.6. Agrobacterium–опосредованная трансформация растений
• ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
• 2.1. Оценка качества белка
• 2.2. Оценка консервативности замен
• 2.3. Моделирование по гомологии
• 2.4. Визуализация замен
• 2.5. Прогноз агрегации
• 2.6. Оптимизация кодонов и дизайн синтетического гена
• 2.7. Скрининг колоний
• 2.8. Электрофорез в 1% агарозном геле
• 2.9. Выделение плазмидной ДНК
• 2.10. Ассиметричный ПЦР
• 2.11. ПЦР с областями перекрывания
• 2.12 Клонирование
• 2.13. Трансформация
• ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
• 3.1. Биоинформатический анализ модифицированного белка вицилина
• 3.2. Оптимизация кодонов и синтетический ген
• 3.3. Сборка конструкции гена целевого белка
• ЗАКЛЮЧЕНИЕ
• СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
• ПРИЛОЖЕНИЕ А