Детальная информация

Данная работа посвящена сравнительному анализу трех методов деконволюции масс-спектров «сверху-вниз». В качестве объектов анализа были использованы методы, реализованные в таких программных инструментах как TopFD, Ms-Deconv, Hardklör. В первую очередь были рассмотрены теоретические аспекты указанных методов, а затем проведено их тестирование на наборе масс-спектров «сверху-вниз» человеческого гистона H4. Далее по полученным деконволютированным масс-спектрам была произведена идентификация белков и протеоформ по базе данных с помощью программного инструмента TopPIC. Итоговый сравнительный анализ проводился по результатам предыдущего этапа идентификации. Текущие результаты анализа методов деконволюции данных белковой масс-спектрометрии позволяют сделать предварительный вывод, что для наиболее полного анализа масс-спектров «сверху-вниз» отдельных белков следует использовать сразу два инструмента деконволюции Ms-Deconv и Hardklör.

This work is devoted to a comparative analysis of three top-down mass spectral deconvolution methods. The methods used in such software tools as TopFD, Ms-Deconv, Hardklör were subject to analysis. First, the theoretical aspects of these methods were considered, and then they were tested on a set of top-down mass spectra of human histone H4. Further, based on the obtained deconvoluted mass spectra, proteins and proteoforms were identified by the database search with the TopPIC software tool. The final comparative analysis was carried out based on the results of the previous stage of identification. The current results of the analysis of methods for deconvolution of protein mass spectrometry data allow us to make a preliminary conclusion that for the most complete analysis of the "top-down" mass spectra of individual proteins, two deconvolution tools Ms-Deconv and Hardklör should be used at once.