Details

Задачи исследования: − провести обзор научной литературы по теме; − получить данные секвенирования генома Bacillus safensis Cap07D и выполнить сборку генома, оценить её качество; − провести аннотацию собранного генома для выявления ключевых генов и функциональных кластеров; − провести анализ выявленных генов; − интерпретировать полученные результаты с точки зрения биотехнологического потенциала бактерии Bacillus safensis Cap07D. Объект исследования – штамм эпифитных бактерий Bacillus safensis Cap07D семян Chenopodium album L. Исследование поддержано Российским научным фондом в рамках проекта № 23-66-10013. Работа выполнена на базе лаборатории генетики и селекции микроорганизмов ФГБНУ ВНИИСХМ и посвящена изучению разнообразия генетических элементов в геномах бактерий семейства Bacillus, обладающих ростостимулирующими и антимикробными свойствами, важными для разработки биопрепаратов сельского хозяйства. По результатам работы штамм бактерии Bacillus safensis Cap07D обладает биотехнологическим потенциалом в разработке биопрепаратов. При написании литературного обзора использовались следующие базы данных: NCBI, ScienceDirect, Scopus, eLIBRARY.RU, CyberLeninka. Обработку и анализ экспериментальных данных осуществляли с использованием пакета программ: Microsoft Excel, Microsoft Word, fastp, SPAdes, QUAST, RagTag, SeqKit, minimap2, prokka, antiSMASH.

During the research, the following tasks were completed: − conduct a review of the scientific literature on the topic; − obtain the sequencing data of the Bacillus safensis Cap07D genome and assemble the genome, evaluate its quality; − to annotate the collected genome to identify key genes and functional clusters; − to analyze the identified genes; − to interpret the results obtained in terms of the biotechnological potential of the bacterium Bacillus safensis Cap07D. The object of the study is a strain of epiphytic bacteria Bacillus safensis Cap07D from seeds of Chenopodium album L. The research was supported by the Russian Science Foundation under project № 23-66-10013. The work was performed on the basis of the Laboratory of Genetics and breeding of microorganisms of the Federal State Budgetary Institution and is devoted to the study of the diversity of genetic elements in the genomes of bacteria of the Bacillus family with growth-stimulating and antimicrobial properties important for the development of biological products in agriculture. According to the results of the work, the Bacillus safensis Cap07D bacterium strain has biotechnological potential in the development of biological products. When writing the literature review, the following databases were used: NCBI, ScienceDirect, Scopus, eLibrary.RU, CyberLeninka. Statistical processing of experimental data was carried out using a software package: Microsoft Excel, MicrosoftWord, fastp, SPAdes, QUAST, RagTag, SeqKit, minimap2, prokka, antiSMASH.