Details

Пестрецов, Артемий Владимирович. Система автоматизации построения конвейеров обработки биологических данных [Электронный ресурс]: бакалаврская работа: 09.03.01 / А. В. Пестрецов; Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого, Институт компьютерных наук и технологий ; науч. рук. В. В. Амосов. — Электрон. текстовые дан. (1 файл : 1,04 Мб). — Санкт-Петербург, 2017. — Загл. с титул. экрана. — Свободный доступ из сети Интернет (чтение, печать, копирование). — Adobe Acrobat Reader 7.0. — <URL:http://elib.spbstu.ru/dl/2/v17-5256.pdf>. — <URL:http://doi.org/10.18720/SPBPU/2/v17-5256>.

Record create date: 10/30/2017

Subject: биоинформатика; pipeline; java; springframework; angularjs

Collections: Выпускные квалификационные работы; Общая коллекция

Links: DOI

Allowed Actions: Read Download (1.0 Mb) You need Flash Player to read document

Group: Anonymous

Network: FL SPbPU Local Network

Annotation

В данной работе рассматривается разработка программного продукта для автоматизации создания конвейеров обработки биологических данных. Конвейеры обработки биологических данных используются биологами и биоинформатиками для проведения исследований над биологическими данными. Такие конвейеры описываются на специальных скриптовых языках программирования (WDL, CWL и др.). Зачастую ученые-биологи не владеют навыками программирования, поэтому возникает задача автоматизации создания таких конвейеров. При создании проекта для разработки серверной части приложения использовался язык программирования Java и SpringFramework. Для разработки клиентской части использовался язык TypeScript и фреймворк AngularJS. В качестве инструментов разработки были задействованы IntelliJ IDEA и система контроля версий git. Были изучены различные подходы к созданию масштабируемой архитектуры, алгоритмы на графах, работа с абстрактными синтаксическими деревьями. Результатом работы является веб-сервис, генерирующий скрипты описания конвейеров на языке WDL по графическому представлению конвейера. Также, система поддерживает возможность удаленного запуска конвейера на выполнение с пользовательскими данными. Проект предназначен для использования учеными-биологами для обработки биологических данных.

Document access rights

Network User group Action
-> FL SPbPU Local Network All Read Print Download
Internet All Read Print Download

Document usage statistics

stat Document access count: 240
Last 30 days: 6
Detailed usage statistics