Детальная информация

Пестрецов, Артемий Владимирович. Система автоматизации построения конвейеров обработки биологических данных [Электронный ресурс]: бакалаврская работа: 09.03.01 / А. В. Пестрецов; Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого, Институт компьютерных наук и технологий ; науч. рук. В. В. Амосов. — Электрон. текстовые дан. (1 файл : 1,04 Мб). — Санкт-Петербург, 2017. — Загл. с титул. экрана. — Свободный доступ из сети Интернет (чтение, печать, копирование). — Adobe Acrobat Reader 7.0. — <URL:http://elib.spbstu.ru/dl/2/v17-5256.pdf>. — <URL:http://doi.org/10.18720/SPBPU/2/v17-5256>.

Дата создания записи: 30.10.2017

Тематика: биоинформатика; pipeline; java; springframework; angularjs

Коллекции: Выпускные квалификационные работы; Общая коллекция

Ссылки: DOI

Разрешенные действия: Прочитать Загрузить (1,0 Мб) Для чтения документа необходим Flash Player

Группа: Анонимные пользователи

Сеть: Интернет

Аннотация

В данной работе рассматривается разработка программного продукта для автоматизации создания конвейеров обработки биологических данных. Конвейеры обработки биологических данных используются биологами и биоинформатиками для проведения исследований над биологическими данными. Такие конвейеры описываются на специальных скриптовых языках программирования (WDL, CWL и др.). Зачастую ученые-биологи не владеют навыками программирования, поэтому возникает задача автоматизации создания таких конвейеров. При создании проекта для разработки серверной части приложения использовался язык программирования Java и SpringFramework. Для разработки клиентской части использовался язык TypeScript и фреймворк AngularJS. В качестве инструментов разработки были задействованы IntelliJ IDEA и система контроля версий git. Были изучены различные подходы к созданию масштабируемой архитектуры, алгоритмы на графах, работа с абстрактными синтаксическими деревьями. Результатом работы является веб-сервис, генерирующий скрипты описания конвейеров на языке WDL по графическому представлению конвейера. Также, система поддерживает возможность удаленного запуска конвейера на выполнение с пользовательскими данными. Проект предназначен для использования учеными-биологами для обработки биологических данных.

Права на использование объекта хранения

Место доступа Группа пользователей Действие
Локальная сеть ИБК СПбПУ Все Прочитать Печать Загрузить
-> Интернет Все Прочитать Печать Загрузить

Статистика использования документа

stat Количество обращений: 232
За последние 30 дней: 1
Подробная статистика