Details

Title: Конвергентные мутации, ассоциированные с лекарственной устойчивостью M. tuberculosis: выпускная квалификационная работа магистра: 03.04.02 - Физика ; 03.04.02_02 - Биофизика
Creators: Лебеденко Ольга Олеговна
Scientific adviser: Рычков Георгий Николаевич
Organization: Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого. Институт физики, нанотехнологий и телекоммуникаций
Imprint: Санкт-Петербург, 2019
Collection: Выпускные квалификационные работы; Общая коллекция
Subjects: Mycobacterium tuberculosis; резистентность к антибиотикам; изониазид; рифампицин; этамбутол; drug resistance; isoniazid; rifampicin; ethambutol
Document type: Master graduation qualification work
File type: PDF
Language: Russian
Speciality code (FGOS): 03.04.02
Speciality group (FGOS): 030000 - Физика и астрономия
Links: http://doi.org/10.18720/SPBPU/3/2019/vr/vr19-2900; http://elib.spbstu.ru/dl/3/2019/vr/rev/vr19-2900-o.pdf; http://elib.spbstu.ru/dl/3/2019/vr/rev/vr19-2900-r.pdf; http://elib.spbstu.ru/dl/3/2019/vr/rev/vr19-2900-a.pdf
Additionally: New arrival

Allowed Actions: Read Download (2.1 Mb) You need Flash Player to read document

Group: Anonymous

Network: FL SPbPU Local Network

Annotation

Эволюция механизмов лекарственной устойчивости M.tuberculosis представляет серьезную проблему для здравоохранения. Настоящая работа посвящена имплементации алгоритма полногеномного поиска ассоциаций - филогенетического теста convPhy, цель которого - идентификация конвергентных мутаций, произошедших под действием противотуберкулезного препарата. Результаты тестирования разработанного метода показали хорошее соответствие с ранее опубликованными данными по маркерам резистентности к противотуберкулезным препаратам для изониазида, рифампицина и этамбутола в индийской популяции M. tuberculosis. Применение алгоритма convPhy при анализе новых данных полногеномного секвенирования 65 внелегочных и 71 легочного российских изолятов, выявило ассоциацию локализации возбудителя с мутациями в генах PE/PPE. Кроме того, алгоритм обнаружил интересные паттерны кооперативного взаимодействия ОНП (однонуклеотидных полиморфизмов) у образцов, чья устойчивость к изониазиду и рифампицину не объясняется известными мутациями S315T katG и S450L rpoВ как в индийской, так и в российской популяции.

The evolution of drug resistance mechanisms of M. tuberculosis is a global healthcare challenge. The present study contains implementation of genome-wide association study algorithm convPhy based on developing convergence mutations. The test result of developed method shows strong concordance with previously published data. The application of the algorithm convPhy in the analysis of the new data genome sequencing 65 pulmonary and 71 extrapulmonary Russian isolates revealed association of pathogen localization with mutations in the genes of PE/PPE. In addition, the algorithm detected interesting patterns of cooperative SNPs (single-nucleotide polymorphisms) interaction in samples whose resistance to isoniazid and rifampicin is not explained by known mutations of S315T katG and S450L rpoB in both the Indian and Russian populations.

Document access rights

Network User group Action
-> FL SPbPU Local Network All Read Print Download
Internet All Read Print Download

Document usage statistics

stat Document access count: 14
Last 30 days: 4
Detailed usage statistics