Детальная информация

Название: Конвергентные мутации, ассоциированные с лекарственной устойчивостью M. tuberculosis: выпускная квалификационная работа магистра: 03.04.02 - Физика ; 03.04.02_02 - Биофизика
Авторы: Лебеденко Ольга Олеговна
Научный руководитель: Рычков Георгий Николаевич
Организация: Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого. Институт физики, нанотехнологий и телекоммуникаций
Выходные сведения: Санкт-Петербург, 2019
Коллекция: Выпускные квалификационные работы; Общая коллекция
Тематика: Mycobacterium tuberculosis; резистентность к антибиотикам; изониазид; рифампицин; этамбутол; drug resistance; isoniazid; rifampicin; ethambutol
Тип документа: Выпускная квалификационная работа магистра
Тип файла: PDF
Язык: Русский
Код специальности ФГОС: 03.04.02
Группа специальностей ФГОС: 030000 - Физика и астрономия
Ссылки: http://doi.org/10.18720/SPBPU/3/2019/vr/vr19-2900; http://elib.spbstu.ru/dl/3/2019/vr/rev/vr19-2900-o.pdf; http://elib.spbstu.ru/dl/3/2019/vr/rev/vr19-2900-r.pdf; http://elib.spbstu.ru/dl/3/2019/vr/rev/vr19-2900-a.pdf
Права доступа: Свободный доступ из сети Интернет (чтение, печать, копирование)
Дополнительно: Новинка

Разрешенные действия: Прочитать Загрузить (2,1 Мб) Для чтения документа необходим Flash Player

Группа: Анонимные пользователи

Сеть: Интернет

Аннотация

Эволюция механизмов лекарственной устойчивости M.tuberculosis представляет серьезную проблему для здравоохранения. Настоящая работа посвящена имплементации алгоритма полногеномного поиска ассоциаций - филогенетического теста convPhy, цель которого - идентификация конвергентных мутаций, произошедших под действием противотуберкулезного препарата. Результаты тестирования разработанного метода показали хорошее соответствие с ранее опубликованными данными по маркерам резистентности к противотуберкулезным препаратам для изониазида, рифампицина и этамбутола в индийской популяции M. tuberculosis. Применение алгоритма convPhy при анализе новых данных полногеномного секвенирования 65 внелегочных и 71 легочного российских изолятов, выявило ассоциацию локализации возбудителя с мутациями в генах PE/PPE. Кроме того, алгоритм обнаружил интересные паттерны кооперативного взаимодействия ОНП (однонуклеотидных полиморфизмов) у образцов, чья устойчивость к изониазиду и рифампицину не объясняется известными мутациями S315T katG и S450L rpoВ как в индийской, так и в российской популяции.

The evolution of drug resistance mechanisms of M. tuberculosis is a global healthcare challenge. The present study contains implementation of genome-wide association study algorithm convPhy based on developing convergence mutations. The test result of developed method shows strong concordance with previously published data. The application of the algorithm convPhy in the analysis of the new data genome sequencing 65 pulmonary and 71 extrapulmonary Russian isolates revealed association of pathogen localization with mutations in the genes of PE/PPE. In addition, the algorithm detected interesting patterns of cooperative SNPs (single-nucleotide polymorphisms) interaction in samples whose resistance to isoniazid and rifampicin is not explained by known mutations of S315T katG and S450L rpoB in both the Indian and Russian populations.

Права на использование объекта хранения

Место доступа Группа пользователей Действие
Локальная сеть ИБК СПбПУ Все Прочитать Печать Загрузить
-> Интернет Все Прочитать Печать Загрузить

Статистика использования документа

stat Количество обращений: 14
За последние 30 дней: 0
Подробная статистика