Details

Title: Стохастическое моделирование молекулярных конфигураций регуляторных районов ДНК в эукариотических клетках: магистерская диссертация: 01.04.02
Creators: Дмитренко Андрей Владимирович
Scientific adviser: Гурский Виталий Валериевич
Organization: Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого. Институт прикладной математики и механики
Imprint: Санкт-Петербург, 2017
Collection: Выпускные квалификационные работы; Общая коллекция
Subjects: Случайные процессы (мат.); Моделирование; регуляторные районы; транскрипционные факторы
UDC: 575.113/.118:519.2(043.3)
Document type: Master graduation qualification work
File type: PDF
Language: Russian
Speciality code (FGOS): 01.04.02
Speciality group (FGOS): 010000 - Математика и механика
DOI: 10.18720/SPBPU/2/v17-3308
Rights: Доступ по паролю из сети Интернет (чтение, печать, копирование)

Allowed Actions:

Action 'Read' will be available if you login or access site from another network Action 'Download' will be available if you login or access site from another network

Group: Anonymous

Network: Internet

Annotation

Транскрипционные факторы (ТФ) регулируют активность генов посредством присоединения к ДНК в регуляторных районах. Комбинации связанных с ДНК факторов формируют молекулярные конфигурации, определяющие скорость транскрипции генов. В работе проводится стохастическое моделирование формирования молекулярных конфигураций регуляторных районов ДНК дрозофилы, влияющих на процесс эмбрионального развития. Моделирование основано на разработке и применении модифицированнои версии ранее предложенных моделеи. Модели этого процесса были исходно разработаны и исследованы на примере прокариотических систем и распространены на эукариотические клетки в представленной работе. Новая модель описывает процесс поиска молекулы ТФ своего саита посадки на ДНК с учетом механизма короткодеиствующеи репрессии, с помощью которого некоторые ТФ подавляют активность генов. Также в модели используется экспериментальная информация об областях открытого хроматина для более точного предсказания сайтов посадки ТФ на ДНК. Полученные результаты демонстрируют существенное влияние механизма короткодействующей репрессии на формирование молекулярных конфигураций. Это влияние заключается в уменьшении длин пробега молекул ТФ по ДНК, а также в уменьшении среднего времени занятости сайтов посадки ТФ. Расчеты свидетельствуют об отсутствии простой зависимости между энергией связи сайта посадки и вероятностью занятости этого сайта. Этот результат говорит о необходимости учета динамических особенностей молекулярных конфигураций в моделях экспрессии генов.

Document access rights

Network User group Action
ILC SPbPU Local Network All Read Print Download
Internet Authorized users Read Print Download
-> Internet Anonymous

Usage statistics

stat Access count: 214
Last 30 days: 0
Detailed usage statistics