Details

Title: Разработка стохастического метода подбора параметров модели геномной селекции: выпускная квалификационная работа бакалавра: направление 01.03.02 «Прикладная математика и информатика» ; образовательная программа 01.03.02_04 «Биоинформатика»
Creators: Салихов Сергей Рамилевич
Scientific adviser: Козлов Константин Николаевич
Other creators: Арефьева Людмила Анатольевна
Organization: Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого. Институт прикладной математики и механики
Imprint: Санкт-Петербург, 2021
Collection: Выпускные квалификационные работы; Общая коллекция
Subjects: IT-технологии; python; модель регрессии; rr-blup; геномная селекция; фенотип; генотип; разностнаяэволюция; deepmethod; многомерная оптимизаци; IT-technologies; regression model; rr–blup; genomic selection; phenotype; genotype; differentialevolution; multi-dimensional optimization
Document type: Bachelor graduation qualification work
File type: PDF
Language: Russian
Level of education: Bachelor
Speciality code (FGOS): 01.03.02
Speciality group (FGOS): 010000 - Математика и механика
Links: Отзыв руководителя; Отчет о проверке на объем и корректность внешних заимствований
DOI: 10.18720/SPBPU/3/2021/vr/vr21-4283
Rights: Доступ по паролю из сети Интернет (чтение, печать, копирование)
Record key: ru\spstu\vkr\13936

Allowed Actions:

Action 'Read' will be available if you login or access site from another network Action 'Download' will be available if you login or access site from another network

Group: Anonymous

Network: Internet

Annotation

Данная бакалаврская работа посвящена разработке стохастического метода опти­мизации, для геномной селекции.На основе существующих научных исследований был разработан и протестирован стохастический метод оптимизации для подбора параметров модели геномной селекции. В качестве основного алгоритма оптимизации был выбран метод раз­ностной эволюции. Сделана программная реализация метода разностной эволюции на основе проекта с открытым исходным кодом deepmethod. Были реализованы модификации, которые позволяют лучше работать с задачей геномной селекции.Реализованный алгоритм был протестирован функцями Растригина и Швефелаи с использованием реальных данных о фенотипе и генотипе различных сортов пшеницы. Анализ численных результатов показал эффективность и хороший потенциал разработанного метода, при решении целочисленных задач.

Based on existing scientific research, a stochastic optimization method was developedand tested for the selection of parameters of a genomic selection model. Thedifference evolution method was chosen as the main optimization algorithm. A softwareimplementation of the difference evolution method is made based on the deepmethodopen source project. Modifications have been implemented to better deal with the taskof genomic selection. The implemented algorithm was tested with the functions ofRastrigin and Shvefel and using real data on the phenotype and genotype of variouswheat varieties. Analysis of the numerical results showed the effectiveness and goodpotential of the developed method when solving integer problems.

Document access rights

Network User group Action
ILC SPbPU Local Network All Read Print Download
Internet Authorized users SPbPU Read Print Download
-> Internet Anonymous

Table of Contents

  • Тема выпускной квалификационной работы
    • Список сокращений и условных обозначений
    • Введение
    • 1. Описание использованных методов и данных
    • 2. Разработка программного обеспечения
    • 3. Результаты и их сравнительный анализ
    • Заключение
    • Список использованных источников

Usage statistics

stat Access count: 8
Last 30 days: 0
Detailed usage statistics