Details

Title: Моделирование шума в каскадах контуров с прямой связью: выпускная квалификационная работа бакалавра: направление 01.03.02 «Прикладная математика и информатика» ; образовательная программа 01.03.02_04 «Биоинформатика»
Creators: Дэн Суньсиньлэ
Scientific adviser: Руколайне Сергей Анатольевич
Other creators: Арефьева Людмила Анатольевна; Дук Мария Алексеевна
Organization: Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого. Институт прикладной математики и механики
Imprint: Санкт-Петербург, 2021
Collection: Выпускные квалификационные работы; Общая коллекция
Subjects: контура с упрежением(feed-forwardloop); метод Гиллеспи; микроРНК; транскрипционные факторы(ТФ); feed-forward loop(FFL); Gillespie method; miRNAs; transcription factors (TFs)
Document type: Bachelor graduation qualification work
File type: PDF
Language: Russian
Level of education: Bachelor
Speciality code (FGOS): 01.03.02
Speciality group (FGOS): 010000 - Математика и механика
Links: Приложение; Отзыв руководителя; Отчет о проверке на объем и корректность внешних заимствований
DOI: 10.18720/SPBPU/3/2021/vr/vr21-874
Rights: Доступ по паролю из сети Интернет (чтение, печать, копирование)
Record key: ru\spstu\vkr\13792

Allowed Actions:

Action 'Read' will be available if you login or access site from another network Action 'Download' will be available if you login or access site from another network

Group: Anonymous

Network: Internet

Annotation

Цель работы —моделирование стохастического поведения каскадных контуров с микроРНК с помощью метода Гиллеспи,оценка шумовых характеристик контуров, оценка степени влияния вышестоящей микроРНК на работу нижестоящих контуров в каскаде, оценка внешнего шума, сравнение двух типов каскадов. Небольшие контуры с прямой связью хорошо изучены в литературе, однако аналитическое исследование больших контуров, представляет определенную сложность. В результате исследования было показано, что подавить внутренний шум с помощью сторонней миРНК, пришедшей из другого контура невозможно. Более того, она только усиливает внутренний шум в системе.Тем не менее, было показано, что при внесении внешнего шума в систему уровень его в белках меньше чем в ТФ, что доказывает,что каскад подавляет внешний шум,вносимый в ТФ. Вывод:Каскад не подавляет внутренний шум,но подавляет внешний шум.

The aim of the work is to simulate the stochastic behavior of cascade loops with miRNAs using the Gillespie method, to evaluate the noise characteristics of the loops, to evaluate the degree of influence of upstream miRNA on the performance of downstream loops in the cascade, to evaluate the external noise, to compare two types of cascades. Small FFL have been well studied in the literature, but the analytical study of large loops presents a certain difficulty. The study showed that it is impossible to suppress the internal noise with a miRNA coming from another loop. Moreover, it only amplifies the internal noise in the system. Nevertheless, it was shown that when external noise is introduced into the system, its level in the proteins is lower than in the TF, which proves that the cascade suppresses external noise introduced into the TF. Conclusion: Cascade does not suppress internal noise, butit does suppress external noise.

Document access rights

Network User group Action
ILC SPbPU Local Network All Read Print Download
External organizations N2 All Read
External organizations N1 All
Internet Authorized users SPbPU Read Print Download
Internet Authorized users (not from SPbPU, N2) Read
Internet Authorized users (not from SPbPU, N1)
-> Internet Anonymous

Usage statistics

stat Access count: 4
Last 30 days: 0
Detailed usage statistics