Данная работа посвящена изучению HSV 144/70, выделенного в клинических услових у больного в UZ Ghent, его выделению и характеристике. А также, идентификации его специфических генов, таких как ICP 6 и ICP 34.5 путем ПЦР амплификации и УФ визуализации с их дальнейшим выделением и скевенированием. В ходе исследовательской работы была произведена титрация двух вирусов, был оптимизирован протокол выделения вирусной ДНК; финальная концентрация выделенной ДНК составила 542 нг/мкл. Ген ICP 6 был идентифицирован при помощи ПЦР амплификации и секвенирован компанией eurofins genomics. Сиквенс гена ICP 6 HSV 144/70 был сравнен с известным сиквенсом гена ICP 6 HSV F. Сравнение показало, что гены были практически гомологичны. Однако, ген ICP 34.5 не был идентифицирован, поэтому требуются дальнейшие эксперименты для обнаружения и идентификации гена ICP 34.5 в геноме HSV 144/70. В результате данной исследовательской работы был охарактеризован ген ICP 6 в вирусе HSV-1, выделенного в клинических условиях (HSV 144/70), и таким образом, внесен значительный вклад в разработку нового онколитического вируса на основе HSV-1.

The given work is devoted to the study of HSV 144/70, isolated from a patient in a clinical setting in UZ Ghent, it’s isolation and characterization. Moreover, the identification of its specific genes, such as ICP 6 and ICP 34.5 genes by amplification using PCR and visualization with UV electrophoresis with their further isolation and sequencing, were also of interest. In the course of the research work, titration of two viruses was carried out, the DNA extraction protocol was optimized; the resulting DNA concentration was 542 ng/µl. The ICP 6 gene was identified using PCR amplification and sequenced by eurofins genomics. The ICP 6 gene sequencing of the HSV 144/70 was compared with known ICP 6 gene sequence of the HSV F. The comparison showed that they were mostly homologue. However, the ICP 34.5 gene was not identified, therefore further experiments are required for detection and identification of the ICP 34.5 gene in the HSV 144/70 genome. The results of this research work led to the characterization of ICP6 in a clinical derived HSV-1 (HSV 144/70) and therefore made a significant contribution to the development of a novel HSV-1 based oncolytic virus.

• LIST OF ABBREVIATIONS
• INTRODUCTION
• CHAPTER 1. REVIEW OF THE LITERATURE
  • 1.1. Cancer
  • 1.2. Cancer immunoediting
  • 1.3. Melanoma
  • 1.4. Cancer therapy
    • 1.4.1. Conventional therapies
    • 1.4.2. Immunotherapy
    • 1.4.3. Oncolytic viruses
  • 1.5. Herpes Simplex Virus
  • 1.6. Talimogene Laherparepvec (T-VEC)
• CHAPTER 2. MATERIALS AND METHODS
  • 2.1. Cell lines
  • 2.2. Viruses
  • 2.3. Propagation and titration of HSV-1
    • 2.3.1. Virus titration
    • 2.3.2. Virus propagation
  • 2.4. Optimization of a virus DNA extraction method
    • 2.4.1. DNA extraction using Triton-X-100
    • 2.4.2. DNA extraction using freeze/thaw cycles
  • 2.5. Vero DNA extraction
  • 2.6. HSV-1 genes determination
    • 2.6.1. PCR of viral DNA with specific primers
    • 2.6.2. Gel electrophoresis
    • 2.6.3. HSV-1 genes sequencing
• CHAPTER 3. RESULTS
  • 3.1. Titration of supernatant containing HSV-1
  • 3.2. Optimalization of the protocol for the DNA extraction of HSV 144/70
  • 3.3. Determination of extracted DNA as an HSV-1 DNA via PCR
  • 3.4. Identification of ICP 34.5 and ICP 6 genes in HSV 144/70
  • 3.5. Analysis and comparing of the ICP 6 gene sequence of HSV 144/70 with the ICP 6 gene sequence of HSV F
• CONCLUSIONS
• REFERENCES