Details

Тема выпускной квалификационной работы: «Применение метода фрагментного анализа для идентификации В- и Т-клеточных лимфом собак». Целью данной работы является создание диагностической тест-системы, основанной на методе фрагментного анализа, для идентификации клональности В- и Т-клеточных лимфом собак. Задачи, которые решались в ходе исследования: - Подобрать матрицы BCR и TCR с использованием National Center for Biotechnology Information (NCBI) и соответствующие им олигонулкеотидные последовательности. - Определенить температуры отжига, температуры плавления и провести анализ димеризации праймеров in silico. - Выполнить олигонуклеотидный синтез подобранных праймеров. - Выделить биологические образцов из парафиновых блоков FFPE и измерить в них концентрации ДНК. - Осуществить сборку тест-системы и проверку ее работоспособности. Объекты исследования данной работы – участки BCR и TCR, ответственные за продуцирование В- и Т-клеток при лимфомах собак; геном Canis lupus. В качестве основных методов исследования выбраны фрагментный анализ, анализ олигонулкеотидов in silico, олигонуклеотидный твердофазный синтез. Работа выполнена на базе ООО «НВЛП». Отобранные матрицы регионов BCR и TCR и подобранные и проанализированные праймеры в совокупности с физико-химическими преимуществами фрагментного анализа позволили добиться высокой чувствительности диагностической тест-системы. Разработанная тест-система может быть использована для диагностики В-клеточных и Т-клеточных лимфом собак из пораженных тканей, а также для ранней идентификации зрелых активированных Т- и В-клеток из крови больных животных. При выполнении литературного обзора использовались следующие базы данных: eLIBRARY.RU, Elsevier ScienceDirect, Scopus, PubMed. Статистическую обработку экспериментальных данных осуществляли с использованием программного обеспечения Microsoft Excel.

The topic of the final qualifying work: «The application of the method of fragment analysis for the identification of B- and T-cell lymphomas of dogs» The purpose of this work is to create a diagnostic test system based on the method of fragment analysis to identify the clonality of B- and T-cell lymphomas in dogs. Tasks that were solved during the research: - Select the BCR and TCR matrices using the National Center for Biotechnology Information (NCBI) and their corresponding oligonulkeotide sequences. - Determine the annealing temperatures, melting temperatures and analyze the dimerization of primers in silico. - Perform oligonucleotide synthesis of selected primers. - Isolate biological samples from FFPE paraffin blocks and measure DNA concentrations in them. - To assemble the test system and check its operability. The objects of research in this work are the BCR and TCR sites responsible for the production of B and T cells in canine lymphomas; the Canis lupus genome. Fragment analysis, in silico oligonucleotide analysis, and solid-phase oligonucleotide synthesis were selected as the main research methods. The work was carried out on the basis of NVLP LLC. The selected matrices of the BCR and TCR regions and the selected and analyzed primers, combined with the physico-chemical advantages of fragment analysis, made it possible to achieve high sensitivity of the diagnostic test system. The developed test system can be used to diagnose B-cell and T-cell lymphomas of dogs from affected tissues, as well as for early identification of mature activated T and B cells from the blood of sick animals. The following databases were used to perform the literature review: eLibrary.RU, Elsevier ScienceDirect, Scopus, PubMed. Statistical processing of experimental data was carried out using Microsoft Excel software.